Het gezonde en speelse uiterlijk van de Berner Sennenhond is helaas misleidend. Bij dit ras ontwikkelen zeer vaak tumoren (kanker), zelfs al op jonge leeftijd. Ook komen elleboogdysplasie en heupdysplasie, beide pijnlijke gewrichtsaandoeningen, zeer veel voor. Het risico op aandoeningen van het zenuwstelsel als degeneratieve myelopathie en epilepsie, en oogaandoeningen is veel groter dan bij andere rassen. De aandoeningen manifesteren zich vaak al op jonge leeftijd. Een Berner Sennenhond wordt over het algemeen niet oud; het grootste deel van de Berner Sennenhonden wordt niet ouder dan 6 jaar.